Дело в том, что участники проекта «Сколково» освобождены от обязанностей налогоплательщиков НДС, связанных с исчислением и уплатой налога.
Вообще плательщики НДС обязаны составлять счета-фактуры, вести журналы учета полученных и выставленных счетов-фактур, книги покупок и книги продаж. Те, кто не должен составлять счета-фактуры, перечислены в пункте 4 статьи 169 Налогового кодекса РФ и в этом списке не значатся участники проекта «Сколково».
Поэтому, данные организации, получившие статус участника проекта, счета-фактуры составляют. Но в силу того, что они освобождены от обязанности исчислять НДС, соответствующие суммы налога покупателям не предъявляют. А это значит, что в графах «Налоговая ставка» и Сумма налога, предъявляемая покупателю» проставляется запись «без НДС».
О составлении счетов-фактур участниками проекта «Сколково» Минфин России рассказал в письме от 24.05.2013 № 03-07-09/18686.
Е. Юдахина, эксперт журнала «Нормативные акты»